口腔細菌学（こうくうさいきんがく）とは、基礎歯学の一分野で、主に口腔内における微生物及び生態防御機構を取り扱う学問である。
元々、口腔細菌学は歯学の一学問として確立され、高度経済成長時には社会的にう蝕（虫歯）が社会問題となったことから、う蝕研究が中心的になされてきたが、現在では、細菌学の領域に留まることなく広く微生物学分野にその研究対象が広がっている。 そのため、研究名称では、「細菌学」となると、ウイルス学等が含まれないため、広く微生物（細菌・ウイルス・原虫・クラミジア、リケッチアなど）を対象にした口腔微生物学や病原菌を対象にした口腔病原菌学、口腔感染防御学などと呼称することが多い。
これらを研究する研究室は、一般に大学の歯学部に設置されており、細菌学、感染症学、微生物学、ウイルス学、免疫学、それら実習・演習の教育を受け持っている。
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研究分野では歯科医師（歯周病専門医や感染症専門医、インフェクションコントロールドクター）が従事しているが、それ以外に理学部、農学部など歯学部以外の人材が研究に従事していることも多く、事実、教員や研究者が歯学部以外の学部出身であることが珍しくない。また、研究内容から、生化学や遺伝学、薬理学、病理学とも共通する点が多く、連携して研究を行うことが多い。